لا تزال أسبابُ الاضطراب ثُنائي القُطب غيرَ مفهومة جيِّداً. وهناك أسبابٌ أخرى لها دور في ذلك، بصرف النظر عن وجود قصَّة عائلية. وتشير دراساتٌ إلى أنَّ بعض بنى الدماغ ووظائفه عندَ مريض الاضطراب ثُنائي القُطب تكون مختلفةً عمَّا هي عندَ الإنسان الطبيعي.