من الممكن أن يُوضَع أنبوب فغر الأعور أيضاً في حال وجود عضلات لا تعمل على نحو سليم. ومن الممكن ِأن تكونَ هذه العضلات هي عضلات الشرج أو عضلات البطن. وقد يؤدِّي ذلك إلى فقدان الطفل القدرة على التحكُّم الطبيعي بحركة أمعائه.