الطور المزمن لداء شاغاس أكثر خُطورة. قد تبقى العدوى عندما لا يُقضى على الطّفيلي دونَ أعراض لعقود. وتظهرُ أعراض الطور المُزمن عند حوالي ثلث المرضى، وقد تكون شديدة.