من الممكن أيضاً أن تصاب الأغذية بالتلوث البكتيري عندما يجري تحضيرها. ومن الممكن أن يحدثَ هذا في المطعم أو في مطبخ البيت أيضاً. ويحدث هذا إذا: لم يتم حفظ الأغذية في درجة حرارة مرتفعة إلى الحد الكافي أو منخفضة إلى الحد الكافي. لم يغسل من يقوم بإعداد الطعام يديه بشكل جيد. لم تكن أدوات المطبخ وألواح التقطيع وغيرها من السطوح تخضع للتنظيف السليم بعد ملامسة الأطعمة النيئة.