يرتبط فرطُ نمو البكتيريا في الأمعاء الدقيقة عادة ببعض الأمراض أو الاضطرابات التي تؤذي الجهازَ الهضمي أو التي يكون لها تأثير في عمله. ومن هذه الأمراض داءُ كرون والداء السكري.