يعدُّ الألمُ العرضَ الرئيسي الثالث من التِهاب المَثانة الخِلالي. والمقصود بالألم هنا هو ما يتجاوز مجرَّد الشعور بعدم الراحة بسبب الحاجة إلى التبول. وقد تكون لدى المريض مشكلةٌ صحِّية إذا شعر بحرقةٍ أو بألمٍ حاد في المَثانة أو في الحالب.