لكن الجهاز المناعي يتعامل أحياناً مع خلايا الجسم على أنها مادة غريبة، وبذلك فهو يهاجم الجسم نفسه. ويؤدي هذا إلى حدوث الالتهاب وإلى إلحاق الضرر بكثير من أنسجة الجسم.