الفارق الرئيسي بين التهاب القولون التقرحي وداء كرون هو مكان حدوث الالتهاب. حيث يقتصر التهاب القولون التقرحي على إصابة القولون عادةً، بينما يمكن أن يصيب داء كرون السبيل الهضمي كله.