يمكن أيضاً استئصال الأورام السرطانية أثناء التنظير الهضمي عند وجودها، وذلك من أجل القيام بمزيد من الفحوص. إن النسيج الذي يُؤخذ من أجل الدراسة يُسمى خَزعة. ويمكن أيضاً أخذ خَزعات للتحري عن وجود أنواع معينة من البكتيريا التي تسبب القرحات.