Al crecer, la bacteria C. difficile produce unas sustancias venenosas llamadas toxinas. Estas toxinas se propagan por el sistema digestivo y hacen que se formen unos tejidos que parecen membranas. Estas membranas se llaman seudomembranas o membranas falsas. Por esta razón, las infecciones de C. difficile se conocen también como colitis seudomembranosa.